对于非国铁控股合资铁路建设项目的运输经营管理，《指导意见》首次明确，在坚持铁路运输统一调度指挥的前提下，项目公司依法决策运输管理方式，可委托铁路运输企业进行运输管理，以发挥铁路运输企业的专业管理优势，提高运输效率；也可由项目公司自管自营，铁路总公司在列车运行图编制、运输组织等方面给予支持。

加快铁路运输经营管理，让非国铁控股项目有更多的自主权。长期以来，铁路系统是以国有铁路为主，近十年来开始涌现合资铁路项目，绝大数仍是国铁控股项目，由于还未成立独立第三方调度指挥机构以及资金清算机构，现有的非控股合资铁路仍难有话语权。

只有实现非控股合资铁路单独调度指挥与资金清算机构才能真正意义上实现非控股合资铁路的自主权，近年来国家铁路与非控股铁路在旅客发送量和货物装车量上相差甚远，即使放权，仍有很多限制，非控股铁路如果没有盈利，自然不会吸人眼球，也就不用谈招商引资，想发展就要抛弃旧观念，树立新思想，想盈利就要放权限，只有这样铁路才能更加快速的发展，才能找到更多的合资项目。

如果非控股铁路能自主，可以真正做到自己“说了算”，那么合资人必然多之又多，盈利之后利润怎样分配，是否有权利进行人员调配，规章制度是否受限制。在发生事故时，处理办法及损失与国有铁路怎样分责承责。在没有第三方调度指挥机构与资金清算机构之前，铁路合资仍然不被投资方认同，这也是铁路跨越式发展需要迈出的一步。