在神奇动物的世界里，魔法与奇幻充斥着每一个角落。故事发生在20世纪初的纽约，这里街道繁忙，熙熙攘攘的人群中隐藏着无数神秘的事情。我们的主人公纽特·斯卡曼德，一个英伦魔法师，带着他的奇幻生物来到这座城市，然而，却意外引发了一场巨大的危机。
纽特在魔法界是一位著名的神奇动物保护者，他的手提箱里装载着各种各样的魔法生物。然而，当他误打误撞地放走了一些神奇动物之后，纽约的魔法界和麻瓜（非魔法者）之间的界限迅速模糊。一只名为“火焰兔”的生物逃出了手提箱，开始在街头上肆虐，给城市带来了数不清的麻烦。
面对这个危机，纽特和他的朋友们——强烈反对麻瓜和魔法界之间沟通的女巫梅尔卡——不得不一起合作，追捕逃跑的生物。他们经历了无数惊险的时刻，重大而又庄严的魔法协会召开紧急会议，决定要对逃窜的怪物进行严格的镇压，而不是解决问题。这使得纽特感到非常沮丧，毕竟他来这里的初衷是为了保护这些生物，而不是让他们被捕杀。
随着时间的推移，纽特逐渐意识到，这不仅仅是一次逃生行动，更是一次自我救赎的旅程。曾经，他在霍格沃茨时，也曾因为对奇幻生物的热爱而受到偏见，因此他深知这些生物的重要性。但他现在必须说服周围的人，让他们意识到，保护和理解是多么重要。
在一次探寻中，纽特和梅尔卡遇到了一个麻瓜名叫雅各布，他天性善良，充满好奇，对魔法世界充满向往。雅各布的加入，为这个追捕计划增添了人性和温暖。他不仅帮助纽特捕捉失控的生物，也在过程中学习了魔法的奇妙之处。漫步在魔法长廊时，他感受到一种从未有过的归属感。
终于，经过一番努力，纽特一行人找到了火焰兔的藏身之处。那个地方神秘而宁静，仿佛是一个被遗忘的魔法天地。这里的生物都在自由地生活，互相守护。纽特看着这一切，心中产生了坚定的信念：保护这些生物，理解它们的生活，才是他最大的责任。
在关键时刻，雅各布掏出了自己的相机，用镜头记录下这一刻的美好。纽特和梅尔卡也相互扶持，共同发出了魔法，终于将火焰兔和其他生物安全带回了手提箱中。面对即将到来的魔法审判，纽特决定带着自己的信念，站出来为这些生物辩护。
在魔法协会的审判上，纽特用生命中对奇幻生物的热爱与尊重，感动了在场的所有魔法师们。而雅各布的朴实与真诚，也帮助大家看到了麻瓜和魔法世界的连接。最终，众人决定不再将这些生物视为威胁，而是共同努力来保护它们。
故事的最后，纽特、梅尔卡和雅各布站在繁忙的纽约街头，夕阳的余晖洒在他们身上，仿佛整个魔法世界在这一刻得到了救赎。他们知道，虽然未来仍充满挑战，但只要彼此相伴，理解与尊重将会是通往和谐的唯一途径。
神奇动物的旅程仍在继续，纽特也将在这个美丽的城市里，继续他的使命，守护那些神秘而动人的生灵。